本尊は会社でいえば大株主
たとえば聖天様がご本尊のお寺でも大日如来さのような上位の仏様がいらっしゃるお寺もありますが、大日様より本尊のお考えや意志が優先されます。
そうでないなら本尊は設定は必要ないでしょう。
うちも聖天様をよく拝みますので本尊と思う方もいるようですがご本尊は十一面様、二番手は飯縄様です。
だから聖天様のお寺でも仏菩薩が本尊になっているところは多い。
そういうところでは聖天さまの御意思は本尊に及びません。
たとえお参りの方が全然ご本尊を知らなくてもそれはそうなんです。
天部がご本尊だとけっこう大変です。